宗旨
臨床蛋白質體核心實驗室於2004年4月成立，以建立世界一流蛋白質體學研發中心，提供長庚體系優質的蛋白質體學相關技術平台、人才培育及研究交流為宗旨。分子醫學研究藉此緊密的基礎研究與臨床醫學結合，可有效地發現疾病診斷及預後的關鍵因子及探索疾病的治病機制，提供分子檢測及新藥開發的契機，達成精準醫療的目標。
目標
蛋白質為生物分子中，主要執行細胞功能的單元。藉由全蛋白質體圖譜來分析疾病蛋白分子，並結合臨床表徵的剖析，以廣度及深度兼備的疾病分子研發，開拓研究的新視野。有鑑於此，臨床蛋白質體核心實驗室致力於創新研發新穎且優質的蛋白質體核心技術平台，以具前瞻性、創新性及國際性且能配合體系研究發展之需要為重點；並提供相關研究諮詢服務及教育訓練，以協助研究人員能有效利用蛋白質體學於臨床研究。
核心技術
2004~2015
以二維電泳分析及MALDI-TOF/TOF MS蛋白質身份鑑定為主要服務平台，協助60多篇論文的發表。最值得一提的是成功應用MALDI-MS 蛋白質圖紋 (protein profile) 建構快速菌種分群的分析平台應用於人類致病菌的鑑別的研究成果發表於蛋白質體研究排名第一的期刊 (Molecular & Cellular Proteomics, 2008; PMID:18045801)，至今被引用次數達 100多次以上。 而以MALDI-TOF MS檢測「胜肽質荷比檢測及蛋白質身份鑑定」的檢測平台，也於2011年通過 TAF 財團法人全國認證基金會ISO 17025 的認證； 2015年並順利完成延展認證，獲頒新一期證書，延續此一認證榮耀。
2015/10~至今
以新穎的Q Exactive HF高精準高解析質譜蛋白質體分析 ( LC-MS/MS analysis) 為主要服務平台，開發及建立高效能的蛋白質體及其後修飾基的定性及定量分析，以提供優質的技術平台 提供長庚體系相關的研究。
未來展望
技術平台(Technique & Platform): 持續引進新穎的蛋白質體研究平台，提供現代化之實驗技術服務及教育訓練。
研究發展(Research & Development)：持續提供疾病相關的蛋白質體學研究的設備、技術、教育、訓練及研究諮詢，以提升研發的能量。
推廣教育(Dissemination & Education)：持續推廣蛋白質體學研究方法，使分子醫學研究與臨床資源更充分地運用於醫學研發。
建構具前瞻性、系統性、完整性及國際化的臨床蛋白質體學研究系統為目標。