2001年，高雄長庚醫院由神經內科結合急診和X光科醫師組成「急性腦中風治療小組」24 小時待命，提供緊急處置。2008年，成立腦中風中心，組織架構跨科際整合八小組：缺血性、出血性、介入治療、急診、復健、中醫、社區及護理等治療小組， 2022年更新增資訊小組，2023年為配合評鑑需求將社區組更新為區域聯防小組。2019年起為能服務更多跨縣市急性腦中風病人，配合政府成立高屏澎血栓移除轉診網絡，確保病人緊急醫療權益。中心設有2位個案管理師，逐月檢討各組服務項目作業流程及醫療結果。運用資訊傳遞和電腦操作提醒系統，以維護病人醫療的安全。執行與病人互動性的住院訪視、衛教和出院後的電話諮詢，以全面防治中風的復發。至今服務逾3000位病人，其中不乏有外院及外縣市轉入病人，為了就是獲得最好、最快速的急性醫療照護。此運作模式讓本中心獲得『卓越中心』殊榮。高雄長庚腦中風中心是一個整合多功能性的腦中風中心，未來有更多的責任需要腦中風團隊協同努力，更需要醫院同仁的支持，期盼各小組成員之間能合作無間，以提供腦中風病人更優質的照顧。