本科與嘉義長庚紀念醫院時同時成立於2001年12月，由林博彥醫師擔任科主任，當時名稱為臨床病理科(Clinical Pathology)，為符合體系制度2009年隨行政中心醫檢教研部成立，本科更名為檢驗醫學科(Laboratory Medicine)。2014年5月改由林科名醫師擔任科主任。2016年3月起改由吳侑庭醫師擔任科主任。
2007年通過台灣全國認證基金會(TAF)醫學實驗室之認證，2009年通過行政院衛生署傳染病檢驗機構認可實驗室，2012年通過美國病理學會 (The College of American Pathologists，CAP) 認證，以精實的作業及品質保證提供雲嘉地區優質的檢驗醫事服務。
本科共59名工作人員含40名醫檢師、7名技術師、5名護理師及7名行政人員，負責全院臨床檢驗工作。本科以及時且正確的檢驗結果提供臨床醫師做為診療病人的服務參考，以達到病人滿意的服務為最高品質政策。依檢驗流程前、中、後設立多項品質指標，及時監控並審查服務品質的成效，適時發現潛在風險導入PDCA及品管圈活動以改善作業流程，增進病人安全。
本科提供24小時檢驗服務，依作業特性分成抽血組、生化血清組、血液血庫組及微生物分生組，採用最新儀器設備如生化血清自動檢體分杯及運送之軌道系統、全自動血球計數儀、血片製作染色機及醣化血色素測定儀等，由訓練精實的專業人員從事醫事檢驗服務，每年並對人員施於在職教育訓練及考核，了解人員工作的正確性並豐富人員之檢驗新知。
檢驗作業量件數逐年增加。除接受臨床醫囑之檢驗服務，每年也承接多起廠區勞工體檢、受聘僱外國人健康檢查作業及雲林鄉民體檢作業。此外本科也積極發展新的檢驗項目如結核菌DNA檢驗及癌症分子檢驗等等以符合臨床醫師服務病人之需求。
歷史沿革
2007年3月TFA全國認證基金會ISO15189醫學實驗室認
2009年通過行政院衛生署傳染病檢驗機構認可實驗室
2009年隨行政中心醫檢教研部成立，本科更名為檢驗醫學科(Laboratory Medicine)
2012年通過美國病理學會 (The College of American Pathologists，CAP) 認證
2017年7月 分子診斷組併入生化血清組
2018年11月 血液組及血庫組合併為血液血庫組
2022年4月 新增品保教學組
2022年4月 微生物組改名微生物分生組