隨著過敏氣喘疾病盛行率日益高昇，為使民眾對於過敏相關疾病有更全面性的瞭解，並秉持提供優質服務的理念，本科成立兒童過敏氣喘中心，打造一個結合門診、檢查、治療、衛教、教學研究的診療環境，讓就診病患能更享有優質的問診服務。兒童風濕性疾病與兒童先天免疫缺損疾病的診斷與治療也是本科重點發展的方向，並結合血液科，腎臟科、重症加護科及其他兒童次專科合作提供更全方位的專業醫療照護。
2011年初，林口長庚醫院與桃園縣政府合作，結合桃園縣政府、長庚醫療財團法人林口長庚紀念醫院、中華民國學校護理人員協進會、學校及家庭五合一的力量，共同推動桃園過敏氣喘友善學校照護計畫，以提升桃園地區過敏氣喘學童的照顧，成為台灣的標竿。