肝臟領域主要的疾病包括肝炎，肝纖維化，肝硬化，肝癌，及相關併發症。由於亞洲的B型肝炎帶原率很高，導致肝炎及肝癌均成為好發疾病。
在中國大陸，肝癌的年發生率男生為每十萬人中有 37.9 人，女生為 14.2 人，數目雙雙為各國之冠。因此，如何防治肝臟疾病及癌症是華人健
康醫護的重要課題之一。
總目標
1. 研究慢性病毒性肝炎之病毒突變與臨床診斷及治療之新技術
2. 探討肝癌致癌病因及治病機轉，提升學術研究層次及水準，建立國際良好聲譽
3. 發展基因體醫學及肝癌治療新策略
4. 培育下一代基礎與臨床醫學研究人才
目前發展重點、核心技術發展和研究主題
肝癌治療基因標記新發展: GALNT14 genotype與新基因標記WWOX genotype
發現GALNT14 genotype 標記的新臨床應用，此基因型可以作為肝癌使用栓塞與標靶藥物合併療法的個人化指引。對基因導引肝癌治療技術有幫助。GALNT14基因型已經轉給長庚醫院檢驗科中央實驗室，可以服務病患(開單項目L72-D43)。此研究成果獲得科技部2019 未來科技突破獎。另一方面，我們並嘗試開發使用另一個基因標記WWOX genotype來做為其他抗癌新藥合併使用栓塞治療的個人化醫療指引。臨床試驗驗證正規畫進行中。
發明新的測量肝內微量 HBV cccDNA 的 real-time PCR方法
我們發展了使用胜肽核酸鏈鎖夾法來定量肝內微量 HBV cccDNA 的 real-time PCR方法。並與現存方法比較，有其優勢。正準備發表中。將來可以運用於新藥開發使用。目前用於院內研究，篩選新抗B肝藥物使用。
病毒突變與抗藥性研究
本中心最近於接受肝安能治療患者身上，發現B型肝炎表面蛋白截斷突變病毒株，會造成病人HBsAg陰性的假象，唯有病毒定序及監測才可避免錯誤的診斷和治療。我們甚至在接種過B型肝炎疫苗，傳統上認為上是對B型肝炎病毒免疫之民眾身上發現這種突變株（Lai et al. 2012, Gastroenterology）。
另外，本中心檢視B型肝炎病人臨床病歷，發現接受干擾素治療之病人，其後發生肝癌的機率比接受口服抗病毒藥物治療者為低 ，其背後機制一部份與B型肝炎表面蛋白截斷突變病毒相關 (Liang et al. 2016 Paper accepted, in press)
醣基轉移酶與肝癌發生及治療
肝癌是全球第五大腫瘤疾病。早期，中期及晚期肝癌患者可分別以肝切除手術，肝動脈血管栓塞及全身性組合化療來治療。本中心以全基因體關聯性分析技術，發現醣基轉移酶 GALNT14基因多型性與全身性化學治療療效之關係 (Liang et al. 2011)，並進而探討基因多型性與各種治療療效之關係，以及此一關聯性背後的分子機制。目前成果如下:
(1) GALNT14基因多型性可預測化療療效
根據前瞻性研究中收樣之107位病人資料顯示，於治療前先檢測基因型，可預測化療治療之後的反應，且與總生存期相關 (P 250位病人資料顯示， GALNT14基因型與肝腫瘤切除手術後癌轉移之時間相關 (P≦0.002文章撰寫中，部分發表於Liang et al. 2014)
(4) GALNT14與肝癌發展之機制探討 (Cell Death & Disease, 2022)
5. 探討RU486衍生的藥物與肝癌生成機制
6. 長鏈非編碼RNA與肝癌發展機制
從先前文獻得知長鏈非編碼RNA (TUG1和LINC01348) 會參與肝癌的細胞的醣解作用和轉移，故將利用體學和資料庫比對方式，釐清更多長鏈非編碼RNA在肝癌中所扮演的角色