近30年來，傳染病對國人健康之威脅已被排除在十大死亡原因之外，0~18歲幼童及青少年之死亡原因亦有極大變化，罹患傳染病致死的個案亦逐年下降，而其他意外死亡及惡性腫瘤則相對增加。這主要歸功於國內小兒科醫學之進步及疫苗接種工作之普及。然而自1998年夏季腸病毒71型肆虐台灣，奪走78名幼童性命、及這兩年的SARS-CoV-2風暴、還有方興未艾的禽流感和登革熱疫情等等，顯示新興傳染病的浮現，是感染科醫師必須面臨的嚴肅課題。
另一方面，隨著抗生素的廣泛使用，使得細菌性感染症大多能的到很好的控制及治療結果，但是由於過度、不當的抗生素使用以及細菌的演化，相對的抗藥性細菌亦大幅上升，感染症學界對此現象十分憂心，相關研究遂成為目前最為熱門的議題。而在研究方法上，細菌的致病機制及抗藥性的研究早已進入基因的層次，最近由於各種高通量（high throughput）研究方法的進步，微生物學的研究更進入基因體學和蛋白體學的新境界，今日所謂系統生物學(systems biology) 更是統合研究DNA、RNA、蛋白、細胞、到組織、臟器、host全盤運作及相互關係之新興學門。感染科醫師除了在臨床照顧病人之外，對於感染症的基礎及臨床研究也應投入，讓我們的學術水準能和先進國家並駕齊驅，另一方面也能提供病人更先進而且完善的醫療照顧品質。
本中心成立宗旨為提供合適、均衡、知識性的研究環境，以吸引並啟發年輕醫師對學術研究的興趣。感染醫學不是organ-specific的學科，借由本中心的成立，各專科醫師對感染症、微生物學、或基因體學有興趣者亦可共同參與，有利研究風氣的形成與發展。提出研究方法，激發新的研究題材，並指導各類研究計劃之設計與申請，以取得院內外研究計劃經費，並協助研究成果發表於優秀的高品質論文期刊。目標將透過跨科系的整合做各式人才培育，推動高水準、前瞻性臨床感染症、分子微生物學、感染免疫學、微生物基因體學及轉譯醫學的研究，亦希望能藉由推動國際性學術交流、合作，提昇長庚的醫學研究在國際上之能見度。