使用規定

一、核酸定序

1. 顧客定序送件需檢附哪些文件資料?

i. 核酸定序申請單(MRD-SOP-SC-001-F02) (請隨表附上DNA template電泳圖和濃度，並註明

loading的體積與Marker的濃度) 。

ii. 試驗委託單(MRD-POC-003-F01)一式3份。

iii. 如果顧客無法提供完整的定序所需資料但仍同意進行定序試驗，則視同顧客認同檢體符合

定序之要求，並願意無條件接受試驗之結果。

2. 顧客送件時的定序檢體所需濃度與體積?

3. 顧客送件定序時所需檢附的引子(Primer)及其濃度和體積?

i. 每個反應的primer至少提供濃度5 µM；體積2 µl。

ii. 1K以內的檢體需有forward和reverse兩端之primer；大於1K以上的檢體以500 bp為單位

，每超過500 bp大小之檢體則需增加1個primer。

附件 1 - 毛細管自動核酸定序儀送件注意事項

二、次世代定序儀

NGS送件允收標準

1. DNA

* 因nanodrop與Qubit所測得的DNA濃度誤差大，故要求送件的體積較多，檢體製備時以Qubit濃度為主  !!!!!

* DNA檢體未達送件要求仍要進行檢體製備，需簽署續作同意書。

* 檢體送件請填寫 ”次世代定序儀申請單” ，下載網址 https://cghdpt.cgmh.org.tw/dept/3S0G0/m/3898

2. RNA

* RNA送件需先進行RNA QC，如果RNA QC後的RIN (RNA integrity number)值 pass才會進行檢體製備。

* RNA QC會進行電泳分析，每個晶片可測12個檢體，若送件數不足12個檢體，會與其他顧客湊件再進行電泳分析。

* RNA QC未達要求仍要進行檢體製備，需簽署續作同意書。

三、即時定量PCR(Q-PCR)　

1. 儀器開放使用時間為週一至週五 9:00AM ~ 5:00PM。
2. 目前提供 384well 規格。
3. 儀器使用時間 2.5 小時/一盤，請先電話預約填寫「ABi Q-PCR 使用登記表」。
4. 預約登記使用時段以上午、中午、下午為基本區段。
5. 檢體分別請於前一天、上午 11 點、下午 1 點前送至本實驗室。
6. 預約時請於使用時段欄位填寫使用者之單位、計畫主持人、姓名、使用的 reagent 及連絡分機，以便聯繫。
7. 使用者應於三日前預約登記或取消登記使用時段，且預約登記不得超過三週後；若預約二次未到或延誤他人使用時段，二週內不得登記。
8. 建議使用原廠 plate 盤(ex: MicroAmp® 96-Well Reaction plate, 0.2 ml)以及封膜；樣品盤四周勿 load 檢體，以防加熱四邊膠膜翹起，導致檢體蒸發。
9. 運送檢體時，請確定避光低溫運送。
10. 檢體請自行送至本實驗室交給操作人員以待實驗之進行。
11. 請依登記時段使用本儀器並請勿延遲使用逾十分鐘，以免造成他人使用上的不便。
12. 送檢體時請一併將收費表單填寫完成，由操作人員核對使用者姓名及開單項目，檢查完畢後送到櫃台報帳。
13. 上機請由儀器管理者操作，請勿自行上機。
14. 請事先告知用畢之檢體是否還需取回，否則用畢一律丟棄處理。
15. 請留下使用者的 E-mail 以方便寄送 data 報告；或與操作人員約時間自備光碟存取 data。 Data 報告如有任何問題，請立即通知儀器管理者做處理。
16. 預約時間應於三日前預約登記或取消使用時段。
17. 請使用原廠封膜及孔盤，並禁止在孔盤及封膜上標示任何標記。

四、Affymetrix 微陣列晶片

1. Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
   DNA濃度50ng/µl以上，體積30µl。
   OD 260/280 : 1.8-2.0，OD 260/230>1.0。
   送件請附DNA檢體電泳圖。
2. AffymetrixGeneChip Human Genome U133 Plus 2.0
   RNA 濃度600ng/µl以上，體積20µl。
   RIN值大於7。
   送件請附晶片型生物分析儀圖。
3. AffymetrixClariom D assays, Human
   RNA 濃度170ng/µl以上，體積20µl。
   RIN值大於7。
   送件請附晶片型生物分析儀圖。
4. AffymetrixTranscriptiome Array | Gene Array (Human, Mouse, Rat)
   RNA 濃度170ng/µl以上，體積20µl。
   RIN值大於7。
   送件請附晶片型生物分析儀圖。
5. Affymetrix Gene Chip miRNA 4.0 Array
   RNA 濃度130ng/µl以上，體積20µl。
   RIN值大於7，OD260/280大於1.95。
   送件請附晶片型生物分析儀圖。
6. Affymetrix Genome Wide CytoScan (750K, HD)
   DNA濃度50-100ng/µl以上，體積30µl。
   OD 260/280 : 1.8-2.0，OD 260/230>1.0。
   送件請附DNA檢體電泳圖。
7. Affymetrix Genome Wide OncoScan
   DNA濃度100ng/µl以上(NanoDrop)，體積20µl。
   DNA濃度20ng/µl以上(Qubit)，體積20µl。

附件 2 - 微陣列基因送件注意事項

五、晶片型生物分析儀 (Agilent 2100 Bioanalyzer)
　　RNA 濃度需在50ng/µl以上，體積4µl。