質譜儀(mass spectrometry)是一種量測帶電粒子質量/電荷(m/z)的分析方法，具高專一性及高敏感度，可自行開發檢驗項目及同時檢驗多項分析物，已成為臨床檢驗重要技術。林口長庚檢驗醫學部早在2000年引進感應耦合電漿質譜儀(ICP-MS)，領先應用於臨床重金屬檢測，接著於2012年引進第一台液相層析-串聯式質譜儀(LC-MS/MS)，為國內首先運用於抗排斥藥物檢測，至今機台數擴大為ICP-MS二台及LC-MS/MS五台。
本中心為勞動部指定之「勞工體格及健康檢查特定檢查項目之檢驗機構」，可提供勞工血中鉛、汞、尿中鉛、汞、鎘、鉻、鎳、無機砷及血清銦之重金屬檢查項目，評估勞工環境暴露情形。也具有衛福部食藥署「濫用藥物尿液檢驗機構認證」，提供安非他命、海洛因、搖頭丸、愷他命與大麻代謝物等濫用藥物尿液檢驗服務。
為利整合資源及提升檢驗量能，於2024年設立質譜檢驗中心，目前提供94個檢驗項目，每月總量約9000件，年件數成長率為10.6%，為長庚體系九大院區及超過60個院外機構提供高精準度的質譜檢驗服務。未來質譜檢驗中心將持續秉持專業與創新，在檢驗服務、教學及研究，展現領導地位，成為臨床質譜檢驗的標竿。