1978年長庚醫院成立時，就有兒科的設立，病房在台北院區；當時並無次專科的細分。
1984年，在美國接受完整兒童感染科訓練的林奏延醫師回國進入本院之後，兒科始有專長感染學的主治醫師。
1993年，長庚兒童醫院在林口院區成立時，再增加黃玉成醫師、邱政洵醫師兩位專長感染學的主治醫師。
1995年，兒童醫院開始細分科，兒童感染科正式成立。
之後，陸續增加新的主治醫師，目前林口院區有8位主治醫師。